Nach § 21 Abs. 2 Satz 2 SGB V haben die Spitzenverbände der Krankenkassen bzw. ab 01.07.2008 der GKV-Spitzenverband bundeseinheitliche Rahmenempfehlungen insbesondere über Inhalt, Finanzierung, nicht versicherten bezogene Dokumentation und Kontrolle der Maßnahmen der Gruppenprophylaxe zu beschließen. Die Rahmenempfehlung vom 17.06.1993 sieht vor, dass diese Aufgaben von der Deutschen Arbeitsgemeinschaft für Jugendzahnpflege (DAJ) wahrgenommen werden. Danach obliegt der DAJ die Dokumentation, Erfolgskontrolle und die Auswertung der gruppenprophylaktischen Maßnahmen.
Infolge des GKV-Reformgesetzes aus dem Jahr 1999 wurde der § 21 SGB V zur Gruppenprophylaxe geändert. Die Änderungen sahen im Wesentlichen eine flächendeckende Einführung der Gruppenprophylaxe, eine Intensivbetreuung von Schülern in Einrichtungen mit einem überproportional hohen Kariesrisiko sowie die Ausdehnung der Betreuung auf das 16. Lebensjahr für diesen Personenkreis vor. Im Zuge dieser Gesetzesänderung haben die Spitzenverbände der Krankenkassen ihr Durchführungskonzept zur Gruppenprophylaxe aus dem Jahr 1995 weiterentwickelt und dessen Inhalte am 20.11.2000 veröffentlicht. Die in diesem Konzept aufgestellten Kriterien sind nach wie vor gültig.
Aufgrund der Rahmenempfehlung zur Gruppenprophylaxe aus dem Jahr 1993 obliegt der Deutschen Arbeitsgemeinschaft für Jugendzahnpflege (DAJ) u. a. die Dokumentation und Auswertung der gruppenprophylaktischen Maßnahmen. Hierzu werden in festgelegten Zeitabständen bei bestimmten Jahrgängen von Kindern und Jugendlichen in den Bundesländern stichprobenartig und nach vorher definierten Kriterien epidemiologische Begleituntersuchungen durchgeführt. Sie ermöglichen es, Veränderungen im Zeitverlauf und Unterschiede zwischen den Bundesländern darzustellen. Die DAJ hat bisher die Ergebnisse der Epidemiologischen Begleituntersuchungen der Jahre 1994, 1995, 1997, 2000, 2004 und 2009 veröffentlicht. Die Veröffentlichung der nächsten epidemiologischen Begleituntersuchung ist für 2014 vorgesehen.