Der GKV-Spitzenverband ist eine Körperschaft des öffentlichen Rechts. An seiner Spitze steht ein hauptamtlicher Vorstand, dem drei Mitglieder angehören. Er vertritt den GKV-Spitzenverband gerichtlich und außergerichtlich. Der Vorstand wird vom Verwaltungsrat gewählt, der aus insgesamt 52 Versicherten- und Arbeitgebervertretern der AOK, der Ersatzkassen, der BKK, der IKK, der Knappschaft und der Sozialversicherung für Landwirtschaft, Forsten und Gartenbau besteht.
Die zahlreichen Aufgaben des GKV-Spitzenverbandes werden von neun Abteilungen und fünf Stabsbereichen umgesetzt. Dabei umfassen die Geschäftsbereiche der drei Vorstände jeweils drei Abteilungen. Vier Stabsbereiche sind darüber hinaus organisatorisch und inhaltlich an die Vorstandsvorsitzende angebunden, einer an den stellvertretenden Vorstandsvorsitzenden.
